Chính sách ưu đãi thuế là một trong những đòn bẩy kinh tế quan trọng nhằm thúc đẩy khu vực kinh tế tư nhân, hỗ trợ các doanh nghiệp khởi nghiệp giảm bớt áp lực tài chính trong giai đoạn đầu vận hành. Nhằm cụ thể hóa định hướng này, Công văn số 3896/CT-CS đã đưa ra những hướng dẫn nghiệp vụ chuyên sâu, làm rõ cơ chế áp dụng chính sách miễn thuế TNDN liên tục trong vòng 3 năm đối với các doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập.
Để hỗ trợ các nhà quản trị doanh nghiệp và bộ phận kế toán nắm bắt dòng thông tin chính xác, tuân thủ đúng quy trình pháp lý, TS24 xin tổng hợp các nội dung kỹ thuật trọng tâm dưới đây.
Cơ sở pháp lý nền tảng điều biên chính sách miễn thuế
Chính sách ưu đãi đặc biệt này được xây dựng dựa trên sự liên thông giữa các văn bản quy phạm pháp luật mới nhất:
Nghị quyết số 198/2025/QH15: Tại khoản 4 Điều 10 quy định cơ chế đặc thù cho phép miễn thuế TNDN cho DNNVV trong thời hạn 3 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (GCNĐKDN) lần đầu.
Nghị định số 20/2026/NĐ-CP: Văn bản hướng dẫn chi tiết quy trình, thủ tục hành chính và các điều kiện kỹ thuật để áp dụng chính sách miễn thuế.
Công văn số 3896/CT-CS năm 2026: Văn bản giải thích nghiệp vụ, làm rõ đối tượng thụ hưởng và phương pháp định vị thời gian tính miễn thuế.
Tiêu chí định biên doanh nghiệp nhỏ và vừa được hưởng ưu đãi
Để cấu thành điều kiện hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN trong 3 năm, doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời hai tầng điều kiện về trạng thái thành lập và quy mô vận hành:
Tầng 1 - Trạng thái doanh nghiệp: Doanh nghiệp phải được cấp GCNĐKDN lần đầu; không thuộc các trường hợp bị loại trừ quy định tại Nghị định số 20/2026/NĐ-CP. Đáng chú ý, các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) thành lập tại Việt Nam vẫn được bình đẳng thụ hưởng chính sách nếu thỏa mãn đầy đủ các tiêu chuẩn chung.
Tầng 2 - Quy mô DNNVV (Theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa năm 2017):
Tiêu chí nhân sự: Số lượng lao động tham gia BHXH bình quân năm không vượt quá ngưỡng 200 người.
Tiêu chí tài chính: Doanh nghiệp phải đáp ứng một trong hai hạn mức: Tổng nguồn vốn không quá 100 tỷ đồng, hoặc tổng doanh thu của năm trước liền kề không vượt quá ngưỡng 300 tỷ đồng.
Phương pháp xác định khung thời gian miễn thuế liên tục
Quy trình tính toán thời gian ưu đãi được cơ quan thuế định vị dựa trên nguyên tắc liên tục và bảo lưu quyền lợi chuyển tiếp:
Nguyên tắc tính thời gian: Thời gian miễn thuế được áp dụng liên tục trong vòng 03 năm, tính từ năm đầu tiên doanh nghiệp được cấp GCNĐKDN lần đầu.
Cơ chế xử lý chuyển tiếp: Đối với các doanh nghiệp được thành lập trước thời điểm Nghị quyết số 198/2025/QH15 có hiệu lực thi hành nhưng thực tế vẫn đang trong khung thời gian được hưởng ưu đãi theo các quy định cũ, hệ thống quản lý thuế sẽ tự động bảo lưu và áp dụng chính sách cho thời gian ưu đãi còn lại.
Các trường hợp ngoại lệ bị loại trừ khỏi chính sách miễn thuế
Hệ thống pháp luật thiết lập các rào cản kỹ thuật để ngăn chặn hành vi trục lợi chính sách. Doanh nghiệp sẽ KHÔNG được áp dụng chế độ miễn thuế 3 năm nếu thuộc một trong các tình huống sau:
Thành lập do tái cấu trúc: Doanh nghiệp mới được hình thành từ các giao dịch sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp đơn thuần.
Liên quan đến người điều hành có lịch sử vi phạm rủi ro: Người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc thành viên góp vốn có tỷ lệ cao nhất đã từng tham gia quản lý, điều hành một doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc đã giải thể trong vòng chưa đủ 12 tháng tính đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới.
Thu nhập phát sinh từ lĩnh vực loại trừ: Phần thu nhập thuộc các trường hợp không được hưởng ưu đãi thuế quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN năm 2025.
Mở rộng danh mục lĩnh vực được ưu đãi thuế theo Nghị định số 320/2025/NĐ-CP
Bên cạnh gói kích cầu dành cho DNNVV mới thành lập, chính sách thuế năm 2026 chứng kiến bước chuyển dịch lớn khi Nghị định số 320/2025/NĐ-CP chính thức mở rộng hạn mức ưu đãi thuế TNDN cho nhiều nhóm ngành công nghệ và hạ tầng mũi nhọn:
Công nghệ số và bảo mật: Lĩnh vực sản xuất phần mềm, phát triển công nghệ số và bảo đảm an toàn thông tin mạng.
Trí tuệ nhân tạo và linh kiện: Công nghệ cao, công nghiệp bán dẫn và các trung tâm quản lý dữ liệu AI.
Năng lượng xanh: Khai thác năng lượng tái tạo và phát triển năng lượng sạch.
Hạ tầng xã hội và công nghiệp hỗ trợ: Đầu tư xây dựng nhà ở xã hội, công nghiệp hỗ trợ và sản xuất thép cao cấp.
Y tế, giáo dục và môi trường: Các dự án xã hội hóa thuộc khối giáo dục, y tế, thể thao và xử lý môi trường.
Khuyến nghị nghiệp vụ cho các nhà quản trị doanh nghiệp
Để bảo toàn quyền lợi hợp pháp và tối ưu hóa cấu trúc chi phí trong 3 năm đầu hoạt động, doanh nghiệp cần chủ động triển khai ngay các bước rà soát nội bộ:
Xác định nhóm quy mô: Đối soát chính xác số liệu lao động bình quân và hạn mức vốn/doanh thu để định vị doanh nghiệp có nằm trong nhóm DNNVV hay không.
Kiểm tra hồ sơ thành lập: Rà soát lại lịch sử pháp lý của các thành viên góp vốn và người đại diện để chứng minh tính độc lập của doanh nghiệp mới, loại bỏ các yếu tố rủi ro thuộc diện loại trừ.
Cập nhật hệ thống kế toán: Thiết lập hệ thống sổ sách kế toán tách biệt rõ ràng các nguồn thu nhập (đặc biệt là nguồn thu nhập từ lĩnh vực ưu đãi) nhằm phục vụ công tác giải trình số liệu quyết toán thuế cuối năm một cách minh bạch.